В декабре 1939 года был призван в ряды Красной Армии. На фронт попал 1 марта 1942 года, после окончания военного училища химической защиты. Воевал в войсках 1-го Украинского фронта, командовал химической службой полка, а затем дивизии (начальник химической службы 172 стрелковой Павлоградской ордена Суворова дивизии).
25 сентября 1943 года руководил созданием переправы, для форсирования реки Днепр, по которой полк с артиллерией, в очень короткий срок, преодолел водную преграду и продвинулся вперед. 2 октября 1943 года немцы после сильного артогня под прикрытием восьми танков пошли в наступление в районе станции Посудово. Имея большое превосходство в живой силе и технике противнику, удалось вклиниться в нашу оборону. Выполняя приказ начальника полка, Г. М. Заболотний с группой бойцов заняли, двумя бронемашинами и до двух рот пехоты двинулись на эту рощу. Г. М. Заболотний отдал приказ бойцам: «Ни шагу назад». Бойцы открыли сильный автоматно-ружейный огонь по противнику с целью отрезать пехоту от танков. Не выдержав сильного огня, пехота залегла и дальше продвигаться вперед не имела возможности. В этой схватке было уничтожено более тридцати фрицев. За проявленные доблесть и мужество Г. М. Заболотний награжден орденом Отечественной войны II степени. В боях за г. Броды в июне 1944 года, под руководством Г. М. Заболотнего, были поставлены две дымовые завесы по фронту на протяжении 4 км. Части дивизии под прикрытием дыма смогли прорвать сильно укрепленную оборону немцев. Во время стремительного наступления Г. М. Заболотний умело организовал разведку в тыл врага, которая под сильным огнем, отбивая пять контратак противника, захватила одну исправную автомашину, десять лошадей и принесла ценные показания по химслужбе. За умелую организацию химслужбы, за проявленные мужество и отвагу Г. М. Заболотний награжден орденом Красной Звезды.
День победы встретил в Москве на Красной площади в звании майора. Награжден еще одним орденом «Отечественной войны» и медалями «За взятие Варшавы», «За взятие Будапешта», «За взятие Берлина», юбилейными медалями.
После окончания войны вернулся на Украину, а в пятидесятом году приехал на Урал. С 1959 по 1986 год работал в железнодорожной школе № 56, преподавал детям уроки труда и военного дела. Бывшие ученики и коллеги до сих пор помнят и вспоминают Григория Макаровича добрыми и теплыми словами.